旗手卫这个卫实际上是沿袭前明,和前明锦衣卫一样,只不过因为大周建立之后,旗手卫和锦衣卫职责发生了一些变化,旗手卫仍然用卫,而锦衣卫这变成了龙禁尉,旗手卫仍然是以亲军守护禁中为主,而锦衣卫(龙禁尉)则彻底转变成为了侦缉机构,但其核心没变,都是效忠于皇帝而非内阁和五军都督府。